برنامه دیدارهای تیم‌های ایرانی حاضر در این مسابقات به شرح زیر است:
هفته اول
۱۰ و ۱۱ مارس ۲۰۰۹
* الهلال عربستان - صباباتری ایران
* پرسپولیس ایران - تیم دوم مرحله پلی اف
* استقلال ایران - الاتحاد عربستان
* سپاهان ایران - الشباب امارات
هفته دوم
۱۷ و ۱۸ مارس ۲۰۰۹
* صباباتری ایران - الاهلی امارات
* الشباب عربستان - پرسپولیس ایران
* استقلال ایران - الجزیره امارات
* الاتفاق عربستان - سپاهان ایران
هفته سوم
۷ و ۸ آوریل ۲۰۰۹
* صباباتری ایران - پاختاکور ازبکستان
* پرسپولیس ایران - الغرافه قطر
* ام صلال قطر - استقلال ایران
* بنیادکار (کوروچی) ازبکستان - سپاهان ایران
هفته چهارم
۲۱ و ۲۲ آوریل ۲۰۰۹
* پاختاکور ازبکستان - صباباتری ایران
* الغرافه قطر - پرسپولیس ایران
* استقلال ایران - ام صلال قطر
* سپاهان ایران - بنیادکار (کوروچی) ازبکستان
هفته پنجم
۵ و ۶ می ۲۰۰۹
* صباباتری ایران - الهلال عربستان
* تیم دوم مرحله پلی اف - پرسپولیس ایران
* الاتحاد عربستان - استقلال ایران
* الشباب امارات - سپاهان ایران
هفته ششم
۱۹ و ۲۰ می ۲۰۰۹
* الاهلی امارات - صباباتری ایران
* پرسپولیس ایران - الشباب عربستان
* الجزیره امارات - استقلال ایران
* سپاهان ایران - الاتفاق عربستان
۳۰ تیم به صورت انتخاب مستقیم در این رقابت‌ها حضور دارند و دو تیم دیگر از رقابت‌های حذفی AFC Cup به لیگ قهرمانان آسیا در سال ۲۰۰۹ راه خواهند یافت.
دو تیم از هر گروه به مرحله شانزدهم صعود می کنند. تیم های سرگروه میزبان تنها بازی این مرحله خواهند بود.
قرعه کشی مرحله یک چهارم نهایی بصورت باز انجام می شود. قرار است فینال رقابت ها در یک بازی در توکیو انجام شود.